Ο κ. Ιωάννης και οι 18 ακόμη κατηγορούμενοι είχαν προσφύγει στο εφετείο των Σκοπίων κατά της πρωτόδικης απόφασης, πριν από ένα χρόνο, με την οποία κρίθηκαν ένοχοι για «ξέπλυμα» 240.000 ευρώ, τα οποία «υπεξαίρεσε» ο Ιωάννης την περίοδο 1998-2002, όταν ήταν μητροπολίτης Βελεσσών και Παραβαρδαρίου της αυτοαποκαλούμενης "Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας".
Ο Ιωάννης αποπέμφθηκε το 2002 από τις τάξεις της αυτοαποκαλούμενης "Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας" διότι είχε υποστηρίξει συμβιβαστική πρόταση για την εξεύρεση λύσης στη διαφορά μεταξύ της Σερβικής Ορθόδοξης Εκκλησίας και της αποσχισθείσας "Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας".
Η συμβιβαστική εκείνη πρόταση είχε απορριφθεί από την εκκλησία της ΠΓΔΜ, η οποία και απέπεμψε τον κ. Ιωάννη από τους κόλπους της.
Αμέσως μετά την αποπομπή του, ο Ιωάννης προσχώρησε σε κοινωνία με τη Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία και προχώρησε στην επανίδρυση της "Ορθόδοξης Αρχιεπισκοπής της Αχρίδας" στην ΠΓΔΜ (έτσι λεγόταν επισήμως μέχρι το 1967 η μετέπειτα αποκαλούμενη "Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία") και ορίστηκε Αρχιεπίσκοπός της.
Από το 2002 και μετά, ο Ιωάννης βρίσκεται συνεχώς στο «στόχαστρο» των διωκτικών αρχών της ΠΓΔΜ.
Το 2005 καταδικάστηκε και εξέτισε ποινή φυλάκισης οχτώ μηνών σε φυλακή των Σκοπίων για "υποδαύλιση θρησκευτικού και εθνικού μίσους" στην ΠΓΔΜ.
Οι διώξεις εις βάρος του Ιωάννη από τις δικαστικές αρχές της ΠΓΔΜ έχουν επικριθεί έντονα από διεθνείς οργανισμούς και από το Στέιτ Ντιπάρτμεντ, ενώ την αποφυλάκιση του έχουν ζητήσει τόσο η Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία όσο και ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος, χωρίς ωστόσο οι εκκλήσεις τους να έχουν γίνει ακουστές.
Η Ορθόδοξη Εκκλησία της ΠΓΔΜ αποσχίσθηκε το 1967 από τους κόλπους του Σερβικού Πατριαρχείου και κήρυξε το αυτοκέφαλό της με την ονομασία "Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία", η οποία δεν αναγνωρίζεται από καμία Ορθόδοξη Εκκλησία του κόσμου.
Η "Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας", επικεφαλής της οποίας είναι ο Ιωάννης και η απήχησή της είναι περιορισμένη στην ΠΓΔΜ, δεν αναγνωρίζεται από τις αρχές και η δράση της είχε θεωρηθεί ότι είναι "απειλητική" για τη χώρα.
